Kopaska dibentuk pada tanggal 31 Maret 1962 oleh Presiden Sukarno untuk mendukung kampanye militer di Irian Jaya. Pasukan ini mulanya dilatih meniru pasukan kamikaze Jepang, dimana mereka akan mengendarai torpedo dan menabrakkannya pada kapal musuh. Perkembangannya kemudian Kopaska meniru pasukan Underwater Demolition Team (UDT) dan SEAL Team angkatan laut Amerika Serikat. Hingga kini tiap tahunnya sebagian anggota Kopaska berlatih dengan SEAL Team di Coronado, California dan Norfolk, Virginia.

Saat ini, Kopaska berkekuatan 300 orang, dibagi dalam dua grup. Satu grup dimasukkan ke Armada Barat di Jakarta, dan satu grup dimasukkan ke Armada Timur di Surabaya. Tugas utama mereka adalah menyerbu kapal dan pangkalan musuh, menghancurkan instalasi bawah air, penyiapan perebutan pantai dan operasi pendaratan kekuatan amfibi.

Dalam masa damai, Kopaska terbagi dalam tim-tim berkekuatan tujuh orang yang bertugas sebagai personel keamanan untuk pejabat atau tamu penting negara. Lebih penting lagi, salah satu tugas mereka adalah menjadi pengawal pribadi presiden dan wakil presiden Indonesia. Mereka juga secara terbatas membantu tugas-tugas SAR di laut. Di samping itu, Kopaska pernah bertugas memperkuat pasukan perdamaian PBB.

Proses pemilihan anggota Kopaska diadakan setahun sekali dan hanya personel TNI_AL non-Marinir yang boleh untuk mendaftar. Usia maksimal pendaftar adalah 30 tahun. Proses pemilihan ini memakan waktu selama tujuh bulan. Biasanya, dari 700-1500 pendaftar hanya 15-20 orang yang lulus seleksi pertama. Setelah itu, para lulusan seleksi pertama ini  harus mengikuti Pelatihan Empat Tahap, yaitu satu minggu latihan fisik (Minggu Neraka), setelah itu latihan dasar bawah air, latihan komando, dan latihan parasut. Biasanya setelah keempat tahap ini hanya lima atau enam orang yang lulus menjadi anggota Kopaska.

Kopaska was formed on March 31 1962 by President Sukarno to help his campaign in Irian Jaya. In that campaign they were ordered to be human torpedoes similar to Japanese 'kamikaze' troops. In doing so they rode the torpedo, guided it until hit the enemy's ship. KOPASKA is heavily influenced by the early U.S. Navy Underrwater Demoliton Teams (UDT) and modern Navy SEAL Teams. This foundation was built when early KOPASKA members were sent to the United States for training with the UDTs. That tradition continues today as each year a few men from the unit travel to Coronado, California and Norfolk, Virginia to participate in SEAL training.

Today, the unit strength is approximately 300 men, divided into two groups. One is attached to western fleet, based in Jakarta and the other one is attached to eastern fleet, based in Surabaya, East Java. Their main duty is underwater demolition which consists of raiding enemy's ships and bases, destroying main underwater installations, beach reconnaissance, prisoner snatches, and preparing beaches for larger naval amphibious operations. In peace time the unit deployes seven man teams to serve as security personnel for VIPs. Primary among these duties are the escort and personal security of the Indonesian president and vice president. They are also responsible for limited search-and-rescue duties and have deployed as part of United Nations peace forces.

Recruitment for the unit is held once a year and draws exclusively on navy personnel (not from the marines). The maximum age of recruits are no more than 30 years. The length of recruitment is seven months. Usually from 700-1500 men who signed up only 15-20 men will pass the initial selection. After the selection the men who pass will undergo four-phase continual training. The first phase of this is one week of physical training (Hell Week), the second phase is basic underwater training, the third phase is commando training, and the fourth phase is parachute training. In the end from 15-20 men, usually only five or six make it and become Kopaska.